宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

　　亚里安（中原茂 配音）本是普罗米修斯和潘多拉的孩子，然而潘多拉在还未生下亚里安之时就战死了，普罗米修斯拼尽全力才让亚里安有了降临这个世界的机会。之后，普罗米修斯因为盗取圣火而遭到了宙斯的处罚，亚里安辗转被德墨忒尔收养，可很快，德墨忒尔也遭遇了悲惨的命运，冥王哈迪斯趁机掳走了亚里安，令他相信自己是海王波塞冬的儿子，为了寻找父亲，亚里安踏上了旅途，不仅如此，他还发誓要杀死宙斯为自己的亲人们复仇。　　诸神之战开始了，雅典娜作为宙斯一方，带领着地上的人民和海王展开了殊死搏斗，而亚里安则彻底沦为哈迪斯利用的工具。