《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。　　决斗者王国篇　　一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。　　战斗城市前篇　　决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。　　乃亚篇（动画原创）　　战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。　　战斗城市后篇　　战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。　　多玛篇（动画原创）　　战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。　　海马集团大赛篇（动画原创）　　多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。　　王之记忆篇　　为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。　　共有224集。

年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..

“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……很久以前，一个名为“后裔”的神秘外星人在地球上留下了三个名为“单位”的物体。高中生深町彰意外获得其中一个，成为“盖弗”，并遭到秘密社团“克罗诺斯”的追捕，该组织计划利用“盖弗”留下的数据来统治世界。后人。与通过被称为“创造”的基因操纵获得了巨大力量的“Zoanoid”怪物展开了激烈的战斗。克洛诺斯执行官生殖体“盖弗二世”的攻击。还有力量远超兽兵的‘超级兽人’。阿基拉虽然处境艰难，但他利用盖弗的能力击退了这些强大的敌人。“盖弗三世”阿基拉和他的朋友们被迫在槙岛津津的帮助下消灭克洛诺斯的日本分支，但他们无力对抗世界级组织克洛诺斯，逐渐被逼入绝境。在与“兽神将军原型”（Proto Zoalord）村上正树以及克洛诺斯内部的反叛分子相遇后，阿基拉和他的朋友们控制了曾经被后裔使用的生物飞船（遗迹飞船）。在。然而，由于由最高级别的预备军“兽王”组成的“克罗诺斯十二将军”的出现，以及总司令阿尔坎菲尔的出现，阿基拉和他的朋友们无奈地被击败。然后，199X年8月17日，由于一场 世界范围的政变的成功，克洛诺斯统治的世界实现了。从那时起已经1年了。阿基拉凭借“巨龙”的强大力量复活，投入了决定人类命运的战斗。敌人和盟友在他周围交叉。阿普托姆是一个“战斗生物”，曾经作为敌人战斗，但背叛了克洛诺斯并站在阿基拉一边。曾经的战友村上，改造后以十二神将之一的身份站在明等人面前。盖弗三世，乔曼，是一个雄心勃勃的人，他从阿基拉那里偷走了泰坦培育装备，并领导自己的军队成为世界的统治者。前兽神将军理查·奎乌的阴谋，野心勃勃，试图造反，但失败，权力被夺走，并被逐出组织。与Gyuoh联手的新出现的第四位性装师Guyver II F以及女性性装师Valkyria。后裔亲手准备的、活了数万年的克罗诺斯领袖兽神将军阿坎菲尔的真实意图是什么？战斗随着每个人的想法而继续。

故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。　　让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也 配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍 配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段惊心动魄的奇幻旅程。

故事中的世界是以中世纪欧洲为基本架构，除了人类以外还有龙、精灵以及哥布林的存在，是典型的托尔金系统中的奇幻世界。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战；魔为了争取长杖毁灭世界而战。赤眼魔王和赤龙神为了各自的目的而战。赤龙神将赤眼魔王击败，并将它分为七部份。为了防范魔族的行动，他化为四个分身固守着四方。　　一千年前，魔王的一部份觉醒了。它率领着魔族们向赤龙神的一个分身——水龙王挑战。魔王五个手下中的四个设下了结界，由它和魔龙王一起直接跟水龙王决斗。后来，魔王的计划宣告失败，魔龙王被封印。魔族的行动渐趋寂静……　　一千年后，自称“天才美少女魔导士”莉娜·因巴斯诞生了。故事也从她在森林里遭遇盗贼，得到流浪佣兵高里·卡布列夫的相助开始。从此他自称为莉娜的监护人成为共同旅行的伙伴。而两人的命运又和魔王有着不可分割的关联.....

岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。”

中东国家“阿斯兰王国”因为政府军与反政府军的内战，而动荡不安。故事就发生在这里：阿斯兰政府军麾下有一支位于战区88的外籍雇佣兵部队。在战区88里，没有人种与国籍的限制，这里集结了一群战技高超，以空战为职业的战机飞行员；他们根据任务收取相应的报酬，以生命作赌注投入惨烈的战斗。只要在“地狱的契约书”上签了字来到战区88的飞行员，若想离开，便只有待满3年活着离开，或者缴纳150万美圆的违约金，除此之外没有其他方法。主人公风间真被自己以为是亲友的神崎悟这个野心家骗到了每天都必须与死神打交道来过活的战区88里，神崎本以为风间扛不到三天就会战死，但与他的预计恰恰相反的是，风间真在这里展现出了极其出类拔萃的空战能力。在米奇、库来克、还有基地商人马可伊老爹等同伴的帮助下，很快成为了战区88的头号王牌飞行员。风间真在战区88里参加战斗的原因并不是为了钱或者喜欢战争；因为他挚爱的未婚妻、大和航空社社长的千金——津云凉子还在日本等他，为了活着回去他必须战斗……

妹妹公主RePure是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

长得像婴儿一样可爱的里包恩（西萩五十铃配音），真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令，来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉（国分优香里配音），并把他培养成合格的接班人。沢田纲吉外号废柴纲，就读于并盛中学一年A班，全科成绩平均17.5分，跳马只能跳三层，单杠向上翻转也不会，无论做什么事都不行的废柴。里包恩行为搞怪过激，让一向邋遢不求上进的纲头疼不已。但是里包恩通过必死弹，竟然让并盛中学的偶像笹川京子（稲村优奈配音）对一直默默无闻的纲产生了好感。纲慢慢开始接受里包恩的改造，过起了欢乐和恐怖的生活，并向黑手党首领一步步迈进。